《超執刀2》的故事主要圍繞著主角林家棟飾演的醫生江大宇及其同事、病患和生活展開。故事中，江大宇在第一集已證明過人刀法，與各種江湖人物交手，屢屢化險為夷。而他對醫術的熱愛和敬畏，使他繼續在醫術界追求更高的境界。
此外，他與女主角趙圓瑗飾演的獨行俠醫生相知相惜，兩人一同在刀光劍影的醫界中並肩戰鬥。他們還帶領著各自的小組，與各種惡勢力作戰，解救病患。
在第二集裡，江湖勢力逐步浮出水面，圍繞著黑金公積金項目爆發出一系列波及劇情，這使得醫界亂世風雲再起。同時，人性的揭示與探索，將繼續成為這齣劇作的重要看點。