《超級機器人大戰D》的故事發生在近未來的世界，主要講述了地球和異星人之間的戰爭。故事的主角們是一群來自不同背景和陣營的英雄，他們為了保衛地球和自己的家園，團結起來對抗強大的敵人。
故事的主要情節包括探索隱藏在戰爭背後的真相、揭示敵人的陰謀、探索隱藏在角色背後的故事、以及在戰鬥中不斷成長和變強。故事中還穿插著各種支線任務和角色，為故事增添了更多的趣味性和深度。
故事中的角色們有著各自的情感和動機，他們之間的關係也十分複雜，交織著友情、親情、愛情和背叛等多種情感。這些角色之間的互動和關係，為故事增添了更多的戲劇性和張力。
總的來說，《超級機器人大戰D》是一個充滿著戰爭、英雄、愛情和背叛的故事，是一個值得一玩的經典機器人大戰遊戲改編的故事。