超耗的計算方法根據不同的場景有所不同。以混凝土超耗爲例，其計算方法如下：
超耗率=(施工實際用量-設計用量)/設計用量×100%。
這裏“施工實際用量”指的是混凝土施工過程中實際使用的混凝土量，“設計用量”是指設計圖紙上規定的混凝土用量。例如，如果混凝土設計用量爲1000立方米，而實際使用的混凝土量爲1100立方米，則混凝土超耗率爲(1100-1000)/1000×100%=10%。
對於自然損耗定額的計算，其方法是自然損耗定額=糧食入庫數量×定額自然損耗率。當實際儲存損耗與水雜減量的差額小於或等於自然損耗定額時，以自然損耗據實覈銷；當實際儲存損耗與水雜減量的差額大於自然損耗定額時，以自然損耗定額覈銷自然損耗，超出定額部分則爲超耗。