《軒轅劍二》的故事圍繞著一個叫做寧珂郡主的敵人公主，她試圖利用軒轅劍來征服世界。主角陳靖仇在尋找傳說中的軒轅劍的過程中，遇到了自己的同伴拓跋玉素和桑紋錦，他們一起與寧珂郡主進行戰鬥。除了戰鬥之外，該作還包含了豐富的感情線，主角和桑紋錦之間的發展成為了一個引人注目的情節。
另外，《軒轅劍二》的結局部分是遊戲故事中最具創新也是最引人深思的部分。原計畫完成故事的所有場景並慶祝之時，一位突然闖入的小偷把原本看似是無敵戰役的“伏魔三劍”的最後一把劍偷走，使得主角三人陷入了困境。然而，這個困境卻成為了一個新的開始，他們必須找到解決問題的方法，最終在經歷一系列冒險後找到了新的希望並完成了遊戲的故事。
總的來說，《軒轅劍二》的故事情節豐富，包含了愛情、友情、戰鬥等多個元素，同時也具有創新性的結局設計。