迷你水泵的工作原理主要依賴於電機驅動葉輪轉動，通過離心力的作用在泵內形成負壓區域，從而將水吸入泵體並推送到出水口。具體來說，迷你水泵的電機通過電源供電後開始轉動，驅動葉輪轉動。當葉輪轉動後，由於離心力的作用，葉輪與泵體之間會形成負壓區域，水便會被吸入泵體。隨著葉輪不斷轉動，泵體內的水會被推到泵體的出水口，並通過管道送到需要噴出水的器材內部。
此外，一些迷你水泵可能包含過濾器，用於去除水中的雜質，保證水質純淨。迷你水泵因其體積小巧、噪音低、免維護等特點，被廣泛套用於各種場合，如氣體採樣、氣體循環、真空吸附等。