通光孔在光學顯微鏡中扮演著至關重要的角色，主要作用包括：
調節光的強度和方向。通過調整通光孔的大小和位置，可以控制樣品接收到的光量和光的方向，這對於觀察照明不均勻的樣品或亮度差異較大的結構尤為重要。
選擇合適的通光孔。光學顯微鏡中配備有多種類型的通光孔，如圓形、方形、十字形等，每種類型的通光孔都有其獨特的套用，例如，圓形通光孔提供均勻照明，方形通光孔用於調節照明的大小和方向，而十字形通光孔適用於觀察樣品結構的軸向。
選擇適當的照明角度和光源。在觀察透射樣品時，正確的照明角度和光源位置對觀察到樣品的不同結構和特點至關重要。
使用補光鏡。在觀察暗場或相襯顯微鏡樣品時，通光孔起著關鍵作用。補光鏡可以使樣品處於亮場中，從而更容易觀察和分析。
此外，在相機中，通光孔的大小也會影響圖像效果。通光孔越大，進入像平面的光線越多，圖像影響面積也越大。通過數值可以調整通光孔的大小，以此來控制曝光量的多少。