造成水污染的原因主要有以下幾類：
工業污染。工業生產過程中產生的廢水、廢氣和固體廢物都會對水體造成污染。這些污染物包括各種化學物質，如酸、鹼、重金屬（如銅、鎘、汞、砷）、有機毒物（如苯、二氯乙烷、乙二醇）等，這些物質可以通過工廠的直接排放進入水體，導致水質惡化，影響水生生物的生命，甚至影響飲用水源和風景區景觀。
農業污染。隨著農藥和化肥使用量的增加，大量殘留物通過降雨和地表徑流進入地表水，對水體構成污染。此外，土地耕作和開荒導致的土壤疏鬆，也會使大量泥沙流入水中，增加水中的懸浮物。
生活污染。人口密集的城市地區產生的生活污水、垃圾和廢氣也是水體污染的重要來源。生活污水主要包括廚房、洗滌房、浴室和廁所排出的污水，這些污水中含有的有機物在微生物分解時會消耗水中的氧氣，導致水生生物缺氧，並可能產生難聞的氣體，如硫化氫和硫醇。
自然污染。特殊的地質條件可能導致某種化學元素大量富集，天然植物腐爛時可能產生有害物質，雨水攜帶各種物質流入水體等，也會造成水體污染。