《冰菓》的故事主要圍繞著“青春”和“推理”兩個主題展開。
該作品講述男主角千葉集團的大小姐——女主高中生“奉太郎”寄宿在男主家後被半強迫成為古典部社員。然後“奉太郎”為查出古文書中真兇以發現“那個壞人”為目的而以小個子的體質和高活躍度、聰明頭腦學習，並在平時的行為中體現了青春的無奈與樂趣，開始了她的推理之旅。
故事中，奉太郎以節能為座右銘，生活著。在奉太郎寄住的“我”家中的書庫中，偶然發現了奉太郎與生俱來的好奇心和“不幸體質”的真相——社長家的家業繼承糾紛，在各方勢力之間展開的複雜事件和奉太郎與“我”之間淡淡的感情，最終決定以奉太郎與“我”相遇的偶然為契機，從“為什麼而煩惱”的角度開始推理，對自身與周圍的事物進行剖析。
此外，該作品還涉及青春期的煩惱、校園欺凌、人際交往等問題，以及對於“推理”的探討和青春期的成長。整個故事結構緊湊，節奏明快，讓人在輕鬆愉快的氛圍中感受到青春的美好和成長的煩惱。