《進擊的巨人》的結局是艾倫·耶格爾犧牲自己，毀滅了世界，但也拯救了世界。艾倫計劃使用始祖巨人之力釋放牆壁中的巨人，命令他們摧毀島外所有土地和生命，以保護他所愛的人和同胞，讓他們在一個沒有巨人威脅的世界裡自由地生活。然而，艾倫的朋友們不忍看到生靈塗炭，組成小隊成功擊殺了艾倫，阻止了他的計劃。最終，艾倫被三笠殺死，三笠是艾倫最愛的女孩，也是他最想保護的人。三笠在艾倫變成始祖巨人後一直追隨著他，試圖說服他停止屠殺。當她發現艾倫其實還保留著自己的意識和感情時，她決定用自己的方式結束這一切。她親吻了艾倫，並用刀刺穿了他的心臟。三笠殺死艾倫後，所有被控制的巨人都恢復了原來的樣子，並且失去了變身為巨人的能力，這意味著「輻射計劃」結束了，世界上再也沒有巨人了。全球80%以上的人口被消滅，剩下的人類也陷入了混亂和恐懼之中。雖然帕拉迪島上的人類得到了暫時的和平，但他們也面臨著世界的仇恨和報復。為了緩和緊張的局勢，阿明·阿爾敏等人與世界各國的代表進行了談判，希望能夠達成一個長期的和平協定。他們也向世界公開了艾倫的真實意圖，即他其實是為了讓他們成為英雄而犧牲了自己，他並不是一個惡魔，而是一個悲劇的英雄。
在故事的最後，三年後，阿明·阿爾敏等人乘坐著飛艇前往艾倫埋葬的地方，想要看望三笠。