《進擊的巨人》故事線包含以下部分：
* 自由與恨的序幕。以主角艾倫·耶格爾進入巨人群中展開熱血殘酷的殺戮血戰。
* 爭奪“始祖巨人”使用權。調查兵團團長埃爾文·史密斯帶領調查軍團展開對巨人的調查，並開始對牆外世界產生懷疑。
* 艾倫的成長。艾倫·耶格爾覺醒了“坐標”巨人之力，並從父親那裡得知了巨人之力繼承的限制，開始策劃解放其他巨人的力量。
* 破牆。馬萊與世界各國交戰，艾倫的父親戰死，馬萊奪得了“始祖巨人”。艾倫帶領調查軍團破牆而出，馬萊發動“天譴”計畫，炸毀地鳴。
* 最終戰。艾倫等人與其他馬萊戰士展開激戰，艾倫與鎧之巨人尤彌爾最終死亡並融為一體，成功拯救世界。
同時，該動漫存在一個“牆外”的世界，這也是一條故事線的主要線索。這個世界中的部分人擁有巨人之力，可以改變周圍的世界。故事的最終結局是艾倫死後，與所有的巨人一同加入了到對抗罪惡龐大的世界的陣仗中，實現了他的犧牲成為大部分人們的信仰、以及人生道路的明燈，貫徹了自由的意志與尊嚴的宗旨。
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