《遊戲王5ds》的故事主要圍繞五張被譽為“五神”的遊戲卡的遊戲王卡“五大天使”展開，卡片的謎樣力量導致無數遊戲公司破產。在世界裡有一群分別進行著一對決牌戰的少年與中年人，其中一位在兩年前的秋天因自己的貪慾召喚出了天使惡作劇守護者成為了遊戲王5ds主角不動遊星。故事最後，為了實現傳說的決鬥，一群五帝龍、命運英雄、水手海龍等卡片精靈們現身，遊星和拉菲魯也終於對決。最終遊星獲勝，也終於揭開了卡片背後的秘密。同時，也展現了決鬥世界的另一個真相：一場名為“傳說的繼承者”的比賽而已。儘管賽程賽制，能登上最後的王位繼承儀式後都是那些羈絆很深的人們獲得了傳說中的神聖龍力量的承認並由兩位基盤讀者發現了是飛龍的精氣問題從而也完成了人格精神戰鬥提升羈絆層次帶來的更強破壞力而非之前數字點數陷阱上的純粹表面個人戰鬥上的壓制。
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