邱姓的起源較為複雜，主要可以追溯到以下幾個來源：
出自姜姓。西周初年，姜太公（太師呂尚）因輔佐武王滅商有功，被封於齊，建齊國，都城設在營丘（今山東淄博市東北舊臨淄），其部分子孫以地為姓，稱為丘氏。這是丘姓的一個主要來源。
出自姒姓。夏帝少康封其小兒子曲烈於鄫（今河南省柘城縣北），其後代中有以丘為姓的。
出自媯姓。春秋時期，陳國有宛丘，邾國有弱丘，居於這些地方的人以丘為姓。
出自少數民族改姓。如漢代烏桓族有丘氏，南北朝時，北魏孝文帝遷都洛陽後，鮮卑族的丘林氏、丘敦氏改為漢字單姓丘氏。
此外，邱姓的形成還與「丘」姓的避諱有關。清朝雍正皇帝為避孔子名諱（孔丘）而下令將「丘」改為「邱」。民國初年，晉代詩人邱逢甲倡議復「丘」姓本字，但仍有不少邱姓人繼續沿用「邱」字。