酵母菌的保存方法主要有冷凍保存法和乾燥保存法。
冷凍保存法的操作步驟如下：
挑選健康的菌株，在富含營養物質的瓊脂平板上進行單菌落分離。
將分離的菌株在瓊脂培養基上培養至對數生長期，用無菌生理鹽水將菌體懸浮。
加入同等量的1.2mol/L甘露醇和防護劑（如含有10%的DMSO），懸浮液中添加含有10%的DMSO等防護劑。
若樣品數量少，使用1ml凍管可以小心攪拌，將懸浮液分裝凍管中，每個管內樣品量通常在0.4ml左右。降溫控制在-70℃以下。
乾燥保存法的操作步驟如下：
挑選健康的菌株，在富含營養物質的瓊脂平板上進行單菌落分離。
將分離的菌株在瓊脂培養基上培養至對數生長期，用消毒紗布將菌懸液濾乾。
在乾燥器內進行乾燥，將乾燥後的菌體轉移到乾燥管內，添加含0.5%~3%的無水氯化鈣。
在日常生活中，常見的乾酵母的保存方法是在未開封的狀態下，放置在不超過40度的常溫環境中。開封後，應將乾酵母夾緊開口並放置在冰櫃冷藏室中保存。
對於鮮酵母，由於其含有約70%的水分，不適合冷凍保存，因為在冷凍過程中會開始結冰並損傷酵母細胞。鮮酵母應在0~4℃（不高於6℃）的冷藏環境下保存，這樣可以保持其活性約45天。
半乾酵母適合在-18℃的冷凍環境中保存。