酶的提取方法主要取決於酶的性質和所需提取的酶的類型，常用的提取方法包括：
鹽溶液提取法。大多數蛋白酶溶於水，在低濃度的鹽存在下會發生鹽溶現象，而在高濃度鹽存在下會發生鹽析現象。因此，一般採用稀鹽溶液進行酶的提取，鹽濃度通常控制在0.02~0.5mol/l。
酸溶液提取法。適用於那些在酸性條件下溶解度較大且穩定性好的酶。這些酶宜採用酸溶液提取，pH值一般控制在2~6。
鹼溶液提取法。適用於在鹼性條件下溶解度較大且穩定性好的酶。這些酶應採用鹼溶液提取，pH值一般控制在8~12。
有機溶劑提取法。適用於與脂質結合牢固或含有較多非極性基團的酶。這類酶可以採用能與水混溶的有機溶劑如乙醇、丙酮、丁醇等提取。
此外，胞外酶可以直接進行提取分離，而胞內酶則需要破碎細胞過程，包括機械法（如絞碎、刨碎、勻漿、研磨、擠壓或超音波等）、化學法（如使用鹽、鹼、表面活性劑、EDTA、丙酮和正丁醇等）和酶解法（如使用溶菌酶、脫氧核糖核酸酶、磷脂酶等）。提取過程中，溶劑用量一般為原料重量的1~5倍，攪拌可加速提取，但轉速不宜過快以免產生泡沫或使酶變性。提取液的pH應在酶的穩定pH範圍內，並遠離其等電點的pH為宜。