醫保問題主要包括以下幾個方面：
繳費方式的靈活性不足。對於參加新型農村合作醫療的農民，個人繳費通常採用集中繳費方式。這導致部分外出打工的農民可能因錯過繳費期而無法享受下一年的合作醫療待遇。同時，外地農民在遷入地難以及時交納醫保，給就醫帶來不便。
報銷手續繁瑣。醫療保險的報銷流程，包括票據上報、審批和取款，通常需要很長時間。這增加了農民的交通費用開支，尤其是對偏遠地區的農民來說，報銷過程極爲不便。
保險金給付不足。在發生重大疾病或高度殘疾時，給付的保險金可能不足以有效解決高額醫療費用負擔，僅能相對減輕經濟壓力。
保險公司賠付範圍有限。保險公司對於需賠付保險金的疾病或殘疾範圍定義不夠廣泛，限制了保險的實用性。
責任免除範圍過廣。例如，艾滋病、戰爭、軍事行動、暴亂和武裝叛亂、核爆炸、核輻射和核污染等疾病常被列入免責範圍，這些情況通常是不可預見的，且不在被保險人控制範圍內。
保險條款不公平。保險條款通常由保險公司單方面制定，被保險人無權修改，這不符合公平與公正原則，損害了被保險人的權益。
保障對象界定模糊。對於非從業城鎮居民的界定不夠明確，特別是靈活就業人員、城市農民工及其子女等特殊羣體是否納入城鎮居民基本醫療保險沒有明確規定。
制度實際受益率較低。儘管城鎮居民基本醫療保險的覆蓋面擴大了，但實際受益率並不高。