金蝶K3系統的初始化主要包括以下幾個步驟：
基礎資料設定。首先，需要錄入系統啟用期的初始餘額，用以銜接啟用期的業務數據，完成從手工或其他系統向K/3系統的過渡。這包括科目、計量單位、倉庫、倉位、部門、職員、客戶、供應商、物料（成品、原料、藥品、編織袋、標籤、備品備件、虛擬件等）、成本項目、要素費用等基礎資料的完整準確錄入。
初始化準備。基礎資料的屬性必須準確錄入，特別注意計量單位、計價方法、存貨科目、銷售收入科目代碼、銷售成本科目代碼、成本項目、檢驗方式的準確錄入。此外，BOM單準確錄入，目前正在使用的配方，必須全部準備錄入系統。
物流初始化。把存貨的期初數量和金額錄入系統中，分倉庫錄入，例如自製成品就選擇自製成品庫、外購成品就選擇外購成品庫、原料就選擇大宗原料庫等。物流初始數據錄入，只錄入期初數量、期初金額。若啟用批號管理，則按照批號錄入對應的數量和金額。
結束系統初始化。在基礎資料設定完成以後，需要錄入系統啟用期的初始餘額，用以銜接啟用期的業務數據，完成從手工或其他系統向K/3系統的過渡。初始數據錄入完成以後，需要結束系統初始化，以結出各項目的期初餘額，並開始進行日常的業務處理。這包括進入〖系統設定〗→〖初始化〗→〖成本管理〗→〖結束初始化〗，雙擊「結束初始化」功能按鈕後，系統將給予相應提示，結束系統初始化。
以上步驟可以幫助用戶順利完成金蝶K3系統的初始化工作。