《銀河護衛隊3》的彩蛋主要包括：
太空狗科斯莫。科斯莫是一隻擁有念力的金毛犬，其原型是基於1957年蘇聯發射到太空的一隻狗萊卡，萊卡因太空控溫系統故障熱死，而科斯莫則因宇宙輻射變異獲得念力。
銀護成員吃奧龍尼烤串。這一彩蛋出現在星爵與其他成員討論星爵的場景中，烤串是銀護一中星爵跳舞時抓著的小生物。
星雲的納米變形手臂。星雲的手臂可以變形為手炮，這一能力被視為對鋼鐵俠的致敬，實際上是因為星云為了紀念冬兵而獲得的。
彩色太空服。銀護成員為救火箭穿的彩色太空服，是向2001年太空漫遊致敬。
DC演員客串漫威。卡魔拉挾持的女招待和安保隊長分別在X特遣隊2和隔臂俠中飾演重要角色。
片尾彩蛋。第一個彩蛋展示銀河護衛隊進入下一個階段，包括新成員的加入；第二個彩蛋預示星爵將回歸，強調他的「傳奇」地位。
掠奪者法師。星爵等人通過奇異博士的傳送門遇到的一群掠奪者中，有一位法師使用與奇異博士相同的魔法。
火箭浣熊的背景故事。展示火箭最親近的朋友萊拉的背景，以及與現實生活中的萊拉名字巧合的趣事。
《新自殺小隊》劇組的客串。包括「克拉格林」飾演「黃鼠狼」，傲格集團保全隊長是「斷臂小子」，以及「胡拉」是《新小隊》的大主角「二代捕鼠者」。