《鋼之鍊金術師FA》的結局主要涉及以下角色的命運：
愛德華·艾爾利克。他因弟弟犧牲自己的靈魂換回他的雙手，進入真理之門。他拒絕使用賢者之石，而是用自己的真理之門換回了弟弟。最終，他與溫莉·洛克貝爾結婚並有了孩子。
阿爾馮斯·艾爾利克。他全身恢復，最後帶著合成獸去新國找張梅。
馮·霍恩海姆。他在大戰中耗盡賢者之石，最後在他妻子的墳前死去。
溫莉·洛克貝爾。她與愛德華結婚。
金·布拉德雷。羅伊·馬斯坦被燒死。
古拉曼中將。因不支持援助起義的北方軍，在政變成功後成為新一任大總統。
羅伊·馬斯坦。他的視力被真理奪走，並變成了人柱。但最終，醫生提姆·馬可用賢者之石治癒了他的眼睛。
約翰·哈勃克。醫生提姆·馬可用賢者之石治癒了他的腳。
佐爾夫·J·金布利。他被合成獸獅子咬中脖子，後來被人造人傲慢（普萊德）吞食。儘管他的意志沒有消散，最後阻止了普萊德侵占愛德華的身體。
斯卡。他加入羅伊·馬斯坦的隊伍，處理有關伊修瓦爾人的事務。
姚麟。他成為新國的國王。
格利德。他被父親大人（人造人之祖）吞噬，在體內使用碳化能力試圖同歸於盡，但失敗並被從口中拉出咬死。
普萊德。他的容器破損，試圖奪取愛德的身體作為新的容器，但被早先吞入體內的金布利的靈魂干擾。最終，他被愛德徹底破壞容器而徹底擊敗，現出真正的本體——一個極小的嬰兒。在FA漫畫中，他被金·布拉德雷的妻子（原養母）撫養成有感情的小孩子。
此外，《鋼之鍊金術師FA》還被評價為結局收尾完整，既有閉合性又有開放性，角色的旅程尚未結束，但他們的鋼鐵之心已經鑄成。