阮姓的起源較為複雜，主要源於以下幾個方面：
源於商周時期的阮國，這個國家是商朝的諸侯國，位於現在甘肅省涇川縣一帶。後來，阮國被周文王所滅，導致許多阮國王族以國名為姓，從而形成阮姓。
源於地名，例如秦朝時期的九阮郡，居民以居邑名稱為姓。
源於姬姓，例如春秋時期鄭國公子豐又大夫，屬於因故改姓為氏。
源於越南的阮福氏，明朝時期安南國君主世系，屬於複姓省文簡化為氏。
源於李姓所改，11至12世紀時期的越南有一個李朝，後被陳守度篡奪，命令越南全國的李姓人都改為阮姓。
此外，還有說法提到石姓人改姓為阮姓，以及皋陶氏之後有人以阮為姓。這些多元化的起源使得阮姓具有豐富的文化內涵和歷史深度。