阿米巴管理模式的弊端主要包括：
導致組織內耗。在需要高度協同的業務模式下，阿米巴經營方式可能導致組織內部形成內耗，使員工過多地關注成本核算和責任推諉，而非業務發展和經營本身。
增加管理難度。阿米巴管理模式涉及眾多小團隊的運營管理，需要建立完善的管理機制和流程，這顯著增加了管理難度。
易產生內部競爭。由於每個阿米巴都是獨立運營的，可能導致內部競爭增加，需要建立良好的內部協調機制來避免惡性競爭。
核算不公平。由於每個阿米巴都是獨立核算的，可能存在公平性問題，需要建立科學的核算體系和流程。
難以平衡各方利益。在阿米巴模式下，平衡各利益相關者的利益尤為困難，需要建立完善的利益協調機制。
過分關注短期利益。阿米巴模式可能導致組織更專注於短期利益，而忽視長期重要的創新和風險承擔。
增加組織治理成本。科層組織加市場經濟的混合體制可能增加管理成本和內部交易成本，降低整體效率。
缺乏統一的企業文化支撐。如果企業文化不支持自治和自主決策，阿米巴模式可能難以有效實施。
內部交易定價問題。在非企業價值創造部門確定經營體定價標準可能是一個挑戰，導致經營體負責人過多關註定價而非營收和價值創造。