雙魚座的由來具體有以下幾種說法：
1. 根據希臘神話講述 ，傳說酒神滋潤的大地給人們帶來了無盡的災難，為了挽救人們，眾神決定讓海洋中的雙魚降臨人間，來平息災難。眾神商量將小魚為一對戀人，在天空的一顆星星中從生，最後變成一對魚形星座，即雙魚座。
2. 來自克里特島上的一個傳說 ，海神N中海中的仙女該亞的靈魂就化身為第一對雙魚到人間報信。受此啟發，古人就創造出第二對雙魚來象徵東方的破曉，東方的本意就是兩個從中間分開的大圓圈，這樣又引出了雙魚座在夏季夜空中銀河兩側的形狀。
此外，還有學者認為雙魚座源於巴比倫的古老神話，代表阿波羅與黛安娜的愛情。具體來源已無法考據，但可以看出這個星座主要是圍繞愛情故事展開的。