雲南的菌子吃法多樣，主要包括以下幾種：
煮吃野生菌。將野生菌清洗乾淨後，放入鍋中加水煮沸，用小火慢煮，煮湯法講究養生，以喝菌湯為主，品嘗其鮮美，以突出野生食用菌本身鮮醇的口味，適合煮湯的野生食用菌有雞樅、香菇、雞油菌、青頭菌等。
涼拌野生菌。將適合涼拌的野生菌（如松茸、青頭菌等）切成丁、絲、片、條等形狀，焯水或過油後，加入各種調味品拌成菜餚。
乾炒野生菌。野生菌改刀後，用油炒制，加入青辣椒、乾辣椒、大蒜等調料，乾炒法以香為主，追求味蕾的享受，適合乾炒的野生菌有牛肝菌、猴頭菌等。
油炸野生菌。野生食用菌炸至水分收乾，有的地方喜歡放入辣椒、大蒜、花椒一起炸，油炸法特點是多油，色澤金黃，味道香酥，適合油炸的有雞縱、乾巴菌、牛肝菌、松茸等。
燒烤野生菌。將清洗乾淨的野生食用菌直接放在碳火上烤至熟透，用辣椒麵、鹵腐或面醬、醬油、大蒜沫、生薑沫、花椒麵、香菜拌一碗蘸水，蘸著吃，適合燒烤的有青皮菌、馬屁泡、雞樅、松茸、牛肝菌、猴頭菌等。
涮火鍋。所有野生菌都可以用作火鍋涮料，但是需要搭配雞、鴨、各種肉類一起涮制，口感才會豐富。
此外，還有如乾巴菌煎洋芋絲、雞樅菌油、竹蓀山藥雞等特色做法。