《零：濡鴉之巫女》的故事圍繞著兩位主角——櫻木圭一郎和久遠寺森子展開。
在遊戲中，他們因一個古老的儀式而被捲入了一個謎團。這個儀式與月面神明——須佐之男有關，他曾與伊邪那歧競爭神位，但失敗後被封印。玩家將跟隨圭一郎和森子在鬼村月見坂展開冒險，解開塵封在古老的封印、雕像和傳說背後的秘密。遊戲的最終目標是拯救因不淨巫女九野愯子附身而逐漸腐朽的村子。
此外，與原版遊戲一樣，重製版還新增了6個迷題和3個DLC。這使得原本複雜的迷宮設計更加精妙，並增加了新的角色和故事。遊戲的整體故事非常引人入勝，精美的畫面和音效也為玩家帶來了沉浸式的體驗。