馬桶原理主要是利用水的重力或虹吸現象，將排泄髒物沖入下水道。抽水馬桶主要由進水管、出水管、滲水管、水塞（進水和出水）、浮球、放水旋鈕及槓桿、補水機關、水箱、便池（便池有連通水箱的彎管）等組成。其工作原理是通過馬桶內的水箱存儲水源，然後在使用時通過按鈕或者拉桿控制水流沖洗馬桶。沖洗完成後，底座內預留的水源便自動將馬桶內的污水和廢物通過S型彎曲管道和主排水管道排入下水道，最終進入污水處理廠進行處理。
不同類型的馬桶沖水原理有所不同，如：
直衝式馬桶主要通過被壓縮的空氣形成推力，讓水流達到一定的衝力來排污。其優點是衝力大、路徑短、不易堵塞，但缺點是沖水聲大、封水面積小、隔臭效果差、易結垢、易濺水。
虹吸式馬桶則利用水柱壓力差產生虹吸現象來排污。其優點是靜音、封水面積大、隔臭效果好，但缺點是路徑長、易堵塞。
總的來說，馬桶的工作原理涉及多個部件和系統的協同作用，以實現有效的排污和清潔功能。