《魔法禁書目錄》是一個包含超能力、魔法和科學的世界觀中展開的故事。故事的主角上條當麻，一名普通的高中生，無意中撞見了學園都市最高機密“天使”，由此引發了與學園都市超能力者的衝突。故事圍繞上條當麻與天使對抗、與學園都市的權力鬥爭、尋找真相的過程中，揭示了隱藏在背後的更廣闊的世界觀和陰謀。
故事中，上條當麻與茵蒂克絲、史提爾等角色的發展和互動，以及與學園都市的對抗，構成了許多引人入勝的情節。同時，故事也涉及到了宗教、政治、歷史等多個領域，展示了作者對世界觀和細節的深入探討和精心設計。
故事中的主線之外，還有一些支線故事，例如主角們的日常生活、配角們的故事等，這些故事也為整個故事增色不少。整個故事有著豐富的角色、多樣的情節和深度的世界觀，吸引著讀者深入探索。