魚類寄生蟲種類繁多，其中一些常見的包括車輪蟲、指環蟲、三代蟲、斜管蟲、小瓜蟲、孢子蟲、復口吸蟲、錨頭鰠、中華鰠和魚鯴等。
這些寄生蟲有些具有專一性，只能寄生在特定的魚類上，而一種魚也可能被多種寄生蟲寄生。例如，車輪蟲是一種常見的魚類寄生蟲，它主要寄生在魚的體表和鰓上，可以引起魚體發黑、離羣獨遊等症狀。車輪蟲病一年四季都可能發生，但在夏季水溫較高時更爲多發，適宜的水溫範圍是20到28攝氏度。指環蟲則是另一種常見的魚類寄生蟲，它的蟲體通常爲長圓形，寄生在各種魚類的鰓上，身體前端有4個瓣狀的頭器，常常伸縮。