魚類發光的原因主要有幾種不同的解釋：
皮膚細胞分泌發光物質：一些魚的皮膚中含有能發光的細胞，這些細胞可以分泌含磷的粘液，當磷與血液中的氧接觸時，會發生化學反應發出光來。
發光細菌共棲：有些魚的發光器官內含有發光細菌，這些細菌利用從魚血液中獲得的能量產生熒光。例如，光檢標的發光器位於眼睛下方，口部內含有數億個發光細菌。日本的研究發現，擬單鰭魚並沒有發光基因，而是通過進食發光浮游生物（如海螢）來獲取能發光的蛋白質，如熒光素酶。
腺體分泌發光物質：魚類發光器中的腺體能夠分泌發光物質，這些物質可以產生光，這種光被稱爲本體發光。在某些魚的發光器官中，生活着發光細菌，這些細菌依賴魚類供給營養，而魚類則利用細菌產生的發光物質來發光。
生化反應：一種特殊的酶催化作用引起的生化反應也是魚類發光的原因之一。這種反應涉及到一種特殊的酶，它能夠催化發光物質的產生和釋放。
生態功能：魚類發光不僅用於照明和覓食，還能幫助識別同類、聚集成羣、尋求配偶以及繁殖後代。此外，發光也可以用於隱蔽自己、防禦敵害或誘捕食餌。
綜上所述，魚類發光的機制包括皮膚細胞分泌發光物質、與發光細菌共棲、腺體分泌發光物質以及特殊的生化反應。這些機制使得魚類能夠在黑暗的環境中發出光亮，以適應不同的生態功能和生活需求。