清理魚缸中的糞便可以採取多種方法：
使用專門的魚缸吸糞器。這種設備可以有效地將魚缸底部的糞便吸出。使用時，將吸頭對準魚缸底部的糞便，利用虹吸原理進行清理。
開啓魚缸的底濾系統。底濾系統工作時，會將魚糞抽吸到底部的過濾盒中。
利用虹吸原理進行清理。使用軟管，裝滿水後按壓出水口，將一端深入水底，鬆開出水口，利用虹吸原理將糞便吸出。
定期更換水。定期更換魚缸中的水，是清理魚糞便的基本方法。
添加有益菌。向魚缸投入硝化細菌等有益菌，可以幫助分解魚糞便並減少污染。
使用水草和生物分解。在魚缸中添加水生植物如苔蘚、水草等，它們可以吸收一部分魚糞便和其他有害物質。
飼養清道夫魚。清道夫以魚糞爲食，可以放在魚缸中幫助清理魚糞。
手動清理魚缸。將魚移出魚缸，使用毛刷等工具直接清理魚缸底部或四壁的糞便，然後注水放魚回缸。
此外，如果魚缸中有礫石，可以使用小桶取出礫石，用清水沖洗，徹底清除附着的糞便。完成清理後，確保徹底沖洗所有使用過的工具和設備，避免對魚兒造成傷害。在添加新水時，如果是自來水，先靜置24小時以揮發氯氣，並確保水溫與魚缸內的水溫相近，以避免對魚兒造成不適。