黑石塔副本分為上下兩層，上層為10人團隊副本，下層為5人難度副本。副本中需要注意的事項如下：
下層副本。小怪數量多，且多數為會逃跑的人形怪。玩家需小心腳下，避免摔落導致ADD（增加怪物數量）。注意副本中的毒蛛後，其毒液會使玩家周期性眩暈，完成相關任務後，可使用「蛛後的乳汁」解除DEBUFF或使用小蜘蛛掉落的「不成熟的毒囊」。哈雷肯死亡後會召喚奴役者基茲魯爾，治療需迅速脫戰回藍。軍需官出售的物品價值較高，值得擊殺。維姆薩拉克在生命值降低到一定值後會召喚援軍，需注意其背後的攻擊。
上層副本。地形相對有章法，沒有太多懸崖等噁心地形。但怪物難度較高，需注意團隊配置和技能使用。棱石柱解密需要找到8個魔方並按照特定順序激活，解開後可以進入見蓋亞。
副本外的區域，玩家可以從塔的正常入口進入，也可通過無序深淵尋找隱藏平台進入。副本流程中，需注意每個區域的小怪和BOSS戰，以及解謎任務。