宇智波鼬選擇滅族的原因是多方面的，主要包括以下幾點：
保護村子免受戰亂：宇智波鼬意識到如果宇智波一族發動政變，木葉將會遭到慘痛的打擊，綜合實力會大大下降，這可能會給其他國家和忍村入侵木葉的機會。
維護宇智波一族的榮耀：宇智波鼬認爲如果宇智波一族真的叛變了，無論成功與否，宇智波一族都將遭到社會的輿論攻擊，被認爲是背叛村子的一族。對於高傲的宇智波來說，名聲比生命更爲重要。
防止族人受到輿論攻擊：如果宇智波一族真的遭到了這樣的輿論攻擊，那麼只會有兩種情況，要麼宇智波是族人忍不住輿論自殺，要麼就是撒佈輿論的人被宇智波一族殺死。無論哪種對宇智波一族來說都絕非好事。
保護弟弟佐助：宇智波鼬爲了保護弟弟佐助的性命，選擇接受木葉高層志村團藏下令的滅族任務，並刺激他向自己復仇，之後加入曉組織做臥底。
阻止宇智波一族的政變：宇智波鼬知道宇智波氏族的實力必然無法奪取木葉政權。只要宇智波氏族真的發動政變，必然會被消滅，還會造成木葉的傷亡。自己殺掉了全族至少可以留下弟弟宇智波佐助，對宇智波鼬來說這已經是一箇好的結果了。