在Adobe After Effects(AE)中保存檔案的方法如下：
打開AE軟體，創建或打開一個項目。
在選單欄中選擇「檔案(File)」->「保存(Save)」或使用快捷鍵Ctrl+S。
在彈出的對話框中選擇保存位置和檔案名稱。
輸入完成後點擊「保存(Save)」按鈕。
在彈出的「保存項目(Save Project)」對話框中，選擇需要保存的項目檔案和素材檔案，點擊「保存(Save)」按鈕。
保存AE工程檔案時需要注意的幾個關鍵點如下：
保存頻率與版本控制。頻繁保存可以避免因意外斷電或軟體崩潰導致的檔案丟失。同時，實施版本控制，確保項目不同階段都有備份。
使用整潔的檔案命名規範。選擇清晰、有意義的命名規範，如項目名稱、日期和版本號的組合，便於識別和管理。
保存前的注意事項。清理不需要的資源，刪除項目中不再使用的素材和圖層，以減小工程檔案的大小。同時，確認所有關鍵幀和效果都已正確套用。
另外儲存與保存的區別。保存會覆蓋前一個檔案，而另外儲存可以在不改變原檔案的情況下保存多個副本。
此外，還可以將AE工程檔案和素材打包，以便在其他電腦上正常打開和渲染。在AE中打開或創建一個項目，然後點擊選單欄的檔案選項，選擇整理工程(檔案)選項，然後選擇收集檔案選項。在彈出的對話框中，勾選全部選項，點擊收集按鈕。在彈出的對話框中，選擇想要保存的位置和資料夾名，點擊選擇資料夾按鈕即可。