《刺客信條2》的故事圍繞著年輕的刺客艾吉奧，他必須在義大利政治和宗教的衝突中生存下來。故事開始時，艾吉奧是一個年輕的貴族，失去了他的家人和家園。他被迫逃到城市中，尋找他的新生活。在這個過程中，他結識了一些新的朋友，包括其他刺客，他們開始訓練艾吉奧成為一名刺客。
同時，遊戲的故事也揭示了刺客組織的起源，以及他們為何與聖殿騎士進行鬥爭的原因。艾吉奧在遊戲中必須使用他的智慧和勇氣，以及他的刺客技能，來對抗強大的敵人，包括教皇和神聖羅馬帝國皇帝。
此外，《刺客信條2》還包含了一些前傳劇情，講述了艾吉奧的祖先，一個名叫阿泰爾的刺客大師的故事。這些故事通過一些隱藏的任務和物品來揭示，為遊戲的世界觀和背景提供了更多的細節。
總的來說，《刺客信條2》是一個關於成長、背叛、犧牲和家庭的故事，描繪了艾吉奧從一個無知的逃犯到一個偉大的刺客大師的旅程。這個故事充滿了冒險、動作和策略元素，是育碧公司最受歡迎的遊戲之一。