《刺客信條4：黑旗》的故事設定在加勒比海，講述了主角愛德華·詹姆斯·肯維的海盜生涯。
遊戲故事中，愛德華與前作中的主人公刺客Abstergo安保顧問艾芙琳共同探險，將一個失傳的刺客組織遺留的虛擬現實刺殺教程《刺客教條》尋回。愛德華在遊戲過程中與艾芙琳發展了戀情，並肩作戰走過了狂風驟雨的奪寶生涯，經歷了名聲、財富、地位的誘惑與考驗，憑藉勇氣、智慧與膽識贏得聲譽。最終兩人雖然無法攜手終老，但艾芙琳為愛德華留下的遺言為：“此生足矣”和愛德華答應艾芙琳將她畫像掛在牆上，表達對她的思念。這也回應了遊戲開始時兩人互贈禮物的約定。