《刺客信條3》的故事設定在18世紀中期的英格蘭，講述了刺客兄弟會的歷史和起源，以及主角華盛頓·墨利斯的成長和奮鬥。遊戲的主線故事圍繞著墨利斯與聖殿騎士的鬥爭，以及他與同伴們之間的矛盾和合作。
在故事中，墨利斯需要探索倫敦和周邊地區，了解不同的背景和故事，並解決各種任務和謎題。他還需要與其他刺客和同伴合作，以對抗日益強大的聖殿騎士。故事中還涉及到家族、信仰、榮譽和信仰等主題，以及主角個人的成長和轉變。
總的來說，《刺客信條3》的故事是一個充滿著冒險、動作和歷史元素的故事，讓玩家在探索遊戲世界的同時，也能了解到18世紀英格蘭的社會背景和歷史事件。