ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible chromatin）是一種用於檢測開放染色質區域的技術，其基本原理是利用Tn5轉座酶切割DNA，並在切點處連線接頭序列，然後進行下游的分離、擴增和測序。
在ATAC-seq中，Tn5轉座酶能夠識別並優先結合到染色質開放區域，這些區域更容易被轉座酶切割，並插入接頭序列。通過這種方式，ATAC-seq能夠揭示細胞內正發揮調控功能的轉錄因子和核小體的位置。
ATAC-seq的數據分析流程通常包括上游分析和下游分析兩個主要部分。上游分析涉及序列質控和比對、序列篩選、Shifting reads、Peak calling、峰檔案bw的生成、組間標準化等步驟。下游分析則包括TSS等位點的peak plot展示、Motif分析、Peak對應的基因注釋、Peak對應的區域注釋以及對Peak的操作等。
ATAC-seq的優點包括所需的樣本量少，樣本準備周期短，以及無片段選擇性，能夠同時獲得染色質開放區域、轉錄因子的結合位點、核小體的調控區域和染色質狀態等信息。此外，ATAC-seq還廣泛套用於繪製染色體開放性圖譜、胚胎發育表觀遺傳修飾、疾病潛在標誌物的預測、腫瘤發生表觀機制研究等多個領域。
總的來說，ATAC-seq是一種強大的表觀遺傳學研究工具，能夠提供關於染色質開放狀態和轉錄因子結合位點的豐富信息。