《BIOHAZARD REVELATIONS 2》的故事圍繞著主人公久利生美奈和神秘的生物危害對策特殊部隊展開。
在遊戲中，美奈是作為一位生物危害對策特殊部隊的成員，該部隊負責處理被認為是對社會有害的生物威脅。她因某些原因與這個部隊失去了聯繫，而這個原因正是遊戲中隱藏在幕後的真相。同時，遊戲中還出現了許多其他角色，包括調查局內部的反抗勢力，他們也在探索真相。
這些角色的故事交織在一起，逐漸揭示出隱藏在《BIOHAZARD REVELATIONS 2》背後的真相。同時，遊戲中的環境也提供了許多線索和提示，幫助玩家了解故事的發展和角色的動機。
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