BSA（Bulked Segregant Analysis，集群分離分析法）的定量原理主要基於遺傳標記的多態性。BSA分析的基本步驟包括：
選擇具有相對性狀的親本雜交，以產生具有目標性狀極端差異的子代群體。
從子代群體中選擇表現出目標性狀極端差異的個體，構建兩個基因池（pools）。
對這些基因池進行高通量測序，以確定它們在感興趣的基因座上的基因型和等位基因頻率的差異。
分析多態性標記，以確定它們是否與目標性狀相關聯，以及是否與特定基因或遺傳區域連鎖。
BSA分析可以快速定位與目標性狀相關的基因，並研究它們的遺傳機制。這種方法適用於研究控制複雜性狀的基因及其分子機制，特別是在沒有或難以創建近等基因系（NIL）的情況下。