染色質免疫共沉澱技術（ChIP）的基本原理是在活細胞狀態下，利用甲醛固定蛋白質-DNA複合物，並將其隨機切斷為一定長度範圍內的染色質小片段，然後通過免疫學方法（如使用特異性抗體）沉澱這些複合體，從而特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段。
這一過程使得研究人員能夠通過對目的DNA片段的純化和檢測，獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。ChIP技術不僅可以研究體內反式因子與DNA的動態作用，還可以用來探討組蛋白的各種共價修飾與基因表達之間的關係。此外，ChIP技術結合其他方法（如ChIP-PCR、ChIP-seq等），可以大大擴展其套用範圍，例如用於特定反式因子靶基因的高通量篩選，尋找反式因子的體內結合位點，或在基因表達調控中研究RNA的作用。