ChIP-Seq（染色質免疫共沉澱測序）是一種結合了染色質免疫共沉澱（ChIP）和高通量測序技術的分子生物學方法，其基本原理如下：
首先，通過甲醛處理使目標蛋白與DNA交聯，然後利用超音波將交聯後的染色質打斷成小片段，通常在200~600bp範圍內。
接著，使用針對目的蛋白的特異性抗體，形成免疫沉澱複合體，從而富集目的蛋白結合的DNA片段。
對富集得到的DNA片段進行純化，並構建測序文庫。
最後，利用高通量測序技術對DNA片段進行測序，獲得數百萬條序列標籤。
這些序列標籤被精確定位到基因組上，從而揭示全基因組範圍內與組蛋白、轉錄因子等DNA結合蛋白相互作用的DNA區段信息。
ChIP-Seq技術廣泛套用於轉錄因子結合位點、組蛋白修飾位點等表觀遺傳學研究。