在COOLEDIT中保存編輯後的音頻檔案有多種方法。以下是幾種常見的方法：
保存工程檔案。首先打開已經剪輯完成的音樂檔案，然後點擊左上角的「檔案」選單，選擇「保存工程」，之後重命名檔案，並選擇保存位置，點擊「確定」即可，保存的檔案格式為.ses，這樣下次使用COOLEDIT打開時可以直接繼續處理。
保存混縮後的檔案。在COOLEDIT中編輯完音頻檔案後，選擇「檔案」選單下的「混縮另外儲存為」，之後重命名檔案並點擊「保存」，保存的檔案可以直接使用音樂播放器來播放。
保存為WAV或MP3格式。選擇「檔案」選單下的「導出檔案」，在彈出的視窗中選擇「WAV檔案」格式，並指定保存的檔案路徑和檔案名稱，之後，可以使用第三方轉換工具（如Audacity）將WAV檔案轉換為MP3格式，操作步驟是打開Audacity軟體，選擇「檔案」選單下的「導入」選項，導入剛才保存的WAV檔案，然後選擇「檔案」選單下的「導出」選項，選擇「MP3檔案」格式，並指定保存的檔案路徑和檔案名稱。
保存為其他格式。在COOLEDIT中，點擊左上角的「檔案」選單，選擇「另外儲存為」，然後選擇資料夾，輸入作品名稱，並在下拉選單中選擇所需的保存格式，如MP3或其他格式。