EM菌的使用方法根據不同的套用領域（如水產養殖、農業種植等）有所不同。以下是一些常見使用方法：
水產養殖。在池塘注水前1周，使用100~300倍的EM菌液稀釋液噴灑池塘，以消毒和淨化池塘。使用EM菌液稀釋液潑灑水面，視水質情況，開始時大約15天1次，之後可以調整為1個月1次。如果發現魚類浮頭或泛塘現象，可以使用EM菌液稀釋液均勻潑灑水面，一般在3~5小時內可好轉，之後可以隔1~2天再潑灑1~2次。
農業種植。將EM菌液按照1比200的比例用水稀釋後，用於蔬菜灌根、沖施或噴施。注意不能與殺蟲劑、殺菌劑、消毒劑、強酸強鹼類肥料和藥物混合使用。在上午十點前和下午四點後使用效果更佳。還可以用於發酵肥料，如糞肥、廚餘垃圾等。
養殖業。使用擴培好的菌液按1比200至500倍稀釋後供動物飲用，混入飼料中餵食，或噴灑到動物糞便上用於發酵。
擴培菌液。擴培EM菌液時，使用1瓶EM菌粉劑（10克裝）加4斤紅糖加30斤水，充分攪拌均勻，使紅糖全部化開。水溫保持在20度以上，環境溫度在30度左右最佳，發酵大約1周。擴培好的菌液為活性菌液，應密封存放在陰涼避光的環境下保存。
根據具體需求和條件，可以選擇不同的EM菌產品和擴培方法。使用時，嚴格按照推薦的比例和方法操作，以確保效果。