EM原液的使用方法有多種，以下是幾種常見的使用方法：
直接稀釋法。根據使用目的，將EM原液按一定比例用水直接稀釋，用於作物葉面噴施、農田澆灌、畜禽飲用、環境除臭等。稀釋用水最好是井水，如果使用自來水，應放置一晝夜使氯氣散發後再使用。
製作活性液。將EM原液與等量糖蜜（可用紅糖代替）按10~50倍不同比例用水稀釋後，置於密封容器內厭氧發酵。發酵過程中因產氣而容器鼓脹，要及時放氣。待PH降至3.5左右，並有醇香發酵酸味，表明發酵成功。活性液可與原液一樣稀釋後使用，但應在一箇月內用完。
製作EM發酵飼料。每100份固體飼料（如畜禽飼料、水產飼料等）使用EM原液0.1~0.3份，加等量糖蜜或紅糖，用20~30份水稀釋後均勻拌入固體飼料中，裝入塑料袋或容器中密封發酵。待出現酒麴醇香氣味，即發酵成功。
製作EM堆肥。以牛糞、豬糞等牲畜糞便摻入秸杆、稻殼、鋸木屑等吸水材料後，按此方法可發酵製作堆肥。以牛糞爲例，按比例混合後，覆蓋上塑料膜，用草簾等適當遮光，中間適當翻堆一兩次，等糞堆表面出現白色菌絲並有酒麴香味，即發酵成功。
製作EM防蟲液。將EM原液、糖蜜、食醋、白酒（30度以上）按1:1:1:1:10的比例備料。將EM原液與糖蜜攪勻、裝入容器蓋緊，發酵2~3天后，產氣鼓脹後，開蓋放氣，加入與EM原液等量的食醋與白酒，攪勻蓋緊，再發酵兩週左右。
以上使用方法應根據具體需求和環境條件進行調整。