FF6故事圍繞著異世界艾歐澤亞的魔物們與人類之間的衝突，以及主角“風之國”賽巴斯塔的成長展開。玩家將扮演主角，在戰鬥中結識了同伴們，並為了拯救世界而踏上旅程。在旅途中，玩家需要面對來自各國的敵人，同時也要面對自己的內心掙扎和成長。最終，主角們成功擊敗了最終BOSS——魔王古達爾，拯救了艾歐澤亞大陸。
此外，FF6還包含了一些情感元素，如主角與同伴之間的友情、親情和愛情等。遊戲中的角色們也都有自己的故事和背景，這些故事在遊戲中通過各種方式呈現給玩家，如回憶、對話等。這些元素共同構成了FF6豐富而引人入勝的故事線。