最終幻想7故事線主要圍繞著一群年輕人的奮鬥與成長，他們為了拯救世界，與“神”進行抗爭。具體來說，故事線可以分為以下幾個部分：
1. 起源：神羅開始研究薩菲羅斯帶來的高科技，無意間污染了整個神鷹號，主角扎克斯成為首個死於該科技下的士兵。尼克斯表示如果解決這一問題需使用艾瑞絲正在開發的封印科技。在主角因技術能力欠缺解決不了危機情況下，星緣發現了克勞德瀕死的父母因為放下了家族血海深仇的仇恨所以免遭一難而被艾瑞絲封印的封印術式“星之輝”。並決定由扎克斯代替艾瑞絲親手釋放。尼克斯被他的精神感動並賜予了他名為封印破壞者的力量，前往進行計畫最後的準備。
2. 相逢與重逢：扎克斯與主角相遇後帶他們去進行艾瑞絲替神鷹號裝備的脈衝波生成器測試，途中與傑內西斯發生衝突。最後扎克斯在測試中犧牲，但主角也得到了可以自我封印和釋放的封印科技的力量。同時，尼克斯發現了克勞德，讓他也加入到拯救世界的隊伍中。
3. 神殿的拯救：主角一行人前往神殿，在神殿中遇到了艾瑞絲和尤菲等人。他們一起打敗了神殿中的怪物，並成功啟動了脈衝波生成器，封印了魔晄。
4. 魔晄的覺醒：在脈衝波生成器啟動後，魔晄的污染逐漸加劇。最終魔晄爆發，導致星球的生態平衡被破壞。為了拯救星球，主角們必須找到解救的方法。
5. 最終決戰：經過一系列的冒險和戰鬥，主角們終於找到了解決魔晄的方法。在一場最終決戰中，他們成功打敗了最終BOSS，拯救了星球。
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