FlowJo是一款專門用於流式細胞術數據分析的軟體，其用戶界面分為幾個主要區域，包括快捷訪問工具列、功能區、Group分組區，以及樣本編輯區。以下是一些主要功能和操作：
快捷訪問工具列。位於界面的最上方，包含基礎操作按鈕（如新建、保存、列印等）、前進、返回按鈕、添加樣本、添加分組、自動調補償、Table editor數據編輯器、Layout editor圖片編輯器等。
功能區。包括FlowJo、檔案、編輯、工作區、工具、配置等選項卡，提供了不同的功能和操作選項。例如，FlowJo選項卡下包含導航、實驗、生物學、幫助等模組；檔案選項卡下可以進行檔案編輯；編輯選項卡下可以進行剪下、複製、貼上等操作；工作區選項卡下可以進行數據重命名、tsne大數據分析、查看節點等操作；工具選項卡下可以進行自動調補償、快速核對樣本質量等操作。
此外，用戶可以通過點擊功能區的各個選項卡來訪問不同的操作按鈕，根據需要使用這些功能進行流式細胞術數據的分析和處理。