Fortran語言支持兩種格式：固定格式和自由格式。
固定格式：
適用於Fortran90之前的版本，例如Fortran77。
檔案後綴通常為`.for`。
固定格式對代碼的排列有嚴格的規定，例如第一列的字元用來表示語句的繼續，注釋用`C`開頭，以及一些特定的排版要求。
固定格式的設計是為了配合早期的打孔輸入方式。
自由格式：
適用於Fortran90及以後的版本。
檔案後綴通常為`.f90`或`.f`。
自由格式廢除了固定格式中的許多限制，使得代碼編寫更加靈活，例如可以在一行的任何位置開始書寫，注釋用`!`開頭，空格的使用不再受限制。
在固定格式中，第一列的字元有特殊含義：
如果是一個數字，表示給這一行程式取一個代號。
如果不是數字且不是`C`或`*`，則這一行會被當作注釋。
第73個字元以後的內容會被忽略。
在自由格式中，注釋使用`!`開頭，且每行的字元數量不受限制，空格的使用沒有特定要求。
程式結構方面，Fortran程式分為程式單元，其中包括可執行程式單元和不可執行程式單元。可執行程式單元包括主程式單元、外部函式子程式單元和外部子例行子程式單元，而不可執行程式單元包括模組程式單元和數據塊程式單元。每個程式必須有一個主程式，並以`END`語句結束。