GSVA（Gene Set Variation Analysis，基因集變異分析）是一種用於揭示不同組中基因集（通路）差異性的計算方法。它的主要目的是將單個基因的表達水平轉化為整個基因集的活躍度得分，並比較不同樣本及組間基因集的變異程度。這樣做可以捕捉到整個基因集在樣本組之間的差異，無論是上調還是抑制，有助於更好地理解基因集在生物學過程中的功能，並發現與特定生理或病理狀態相關的重要基因集。GSVA適用於多種研究領域，如癌症研究、藥物發現和生物標記物鑑定等。
GSVA是一種非參數的無監督分析方法，主要通過將基因在不同樣品間的表達量矩陣轉化為基因集在樣品間的表達量矩陣，從而評估不同的代謝通路在不同樣品間是否富集。這個轉化過程使得研究人員可以得到每個基因集在各個樣本中的具體得分，進而進行差異表達分析、熱圖繪製、火山圖繪製等。GSVA使用的基因集可以來源於GO、KEGG或自定義，提供了比傳統基因水平差異檢驗更高級的分析能力。
總的來說，GSVA是一種強大的工具，它能夠提供對複雜生物學過程的新見解，特別是在探索基因與疾病之間的關係時。