Gundam 00F的故事主要圍繞一個名為剎那·F·清音（剎那·F·セイエイ）的年輕人，他是一個在22世紀末出生並成長的人類。在某個被稱為“新紀元”的時代，人類已經發展出了高度發達的技術，包括先進的宇宙航行和殖民技術。然而，由於過度開發，地球的環境逐漸惡化，導致資源枯竭和生態系統的崩潰。
剎那的家族是一個擁有高度技術知識的家族，他們利用這些知識開發了一種新型的Gundam 00F。這是一種新型的高機動戰士，具有強大的戰鬥能力和先進的科技。剎那被選中成為這種新型Gundam的駕駛員，並被賦予了保護地球免受外星種入侵的任務。
在駕駛Gundam 00F的過程中，剎那遇到了許多挑戰和危險。他必須面對外星種和人類內部的政治鬥爭，同時還要應對自己內心的掙扎和困惑。他開始質疑自己的使命和人類的未來，並試圖尋找一種新的方式來解決問題。
在故事的高潮部分，剎那和他的同伴們最終發現了一種新的技術，可以改變地球的環境並解決人類內部的問題。他們開始利用這種技術來改變地球的未來，並最終實現了人類和外星種的和平共存。
總的來說，Gundam 00F的故事是一個關於人類在面臨環境危機和外星種威脅時，如何通過合作和創新來尋求解決方案的故事。這個故事強調了人類在面臨挑戰時的團結、勇氣和智慧，以及技術發展的可能性和局限性。