《高達破壞者2》的故事發生在一年後的故事，地球聯邦政府與吉翁公國政府達成和平協定，並且聯邦允許民間組織開始擁有機動戰士。然而，聯邦內部的一些人正在密謀破壞這個協定，並試圖消滅所有高達。玩家扮演的是機動戰士駕駛員，需要保護人類免受陰謀的侵害。