《高達破壞者3》的故事發生在一年後的故事，在這個故事中，聯邦與吉恩的戰爭已經結束，但是新的威脅已經出現。玩家將扮演主角，一位新加入機動戰士戰隊的新成員，為了保護地球和尋找自己的身世之謎而踏上旅程。在遊戲中，玩家將面臨各種挑戰和危險，包括來自敵對勢力的攻擊和自然災害。玩家需要使用各種高達機器人和武器來應對這些挑戰，同時還要與其他機器人戰鬥和合作，以完成任務並保護地球。
此外，遊戲中的故事情節和角色關係也相當豐富和複雜。玩家可以通過完成任務、探索遊戲世界和與其他玩家交流來了解更多關於故事的信息。同時，遊戲還提供了多種不同的結局和情節，玩家可以根據自己的選擇和行動來影響故事的走向。總的來說，《高達破壞者3》的故事情節和角色關係相當豐富和複雜，為玩家提供了一個充滿挑戰和冒險的遊戲體驗。